答：根据《国家税务总局关于发布〈个人所得税扣缴申报管理办法(试行)〉的公告》(国家税务总局公告2018年第61号)以及《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行〔2019〕11号)相关规定对于企业取得代扣代缴个人所得税手续费返还，从用途上可以有两种方式：一是用于提升办税能力、奖励办税人员，二是“三代”单位所取得的手续费收入应单独核算，计入本单位收入，用于与“三代”业务直接相关的办公设备、人员成本、信息化建设、耗材、交通费等管理支出 。
问：稽查部门查补的个人所得税税款是否可以计入计提“三代”手续费的基数?
【成都2022年度个税扣缴手续费退付申请指南】答：根据《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行〔2019〕11号)规定，税务机关对单位和个人未按照法律、行政法规或者委托代征协议规定履行代扣、代收、代征义务的，不得支付“三代”税款手续费 。因此，扣缴义务人未按照规定代扣代缴个人所得税，在税务机关的检查环节补缴的个人所得税不能计入“三代”手续费的基数 。
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