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在黑龙江地区，一般采收时间为9月15-20日，其他地区根据种瓜的成熟时间及气候条件等确定采收期。采收后一般存放7-10天再开瓜取籽，以促进后熟，提高籽粒饱满度。在有条件的地区，也可采用机械采籽。若为裸仁瓜籽后熟时间不宜过长，以免种子在果实内发芽。裸仁瓜籽切忌不要发酵，避免种子绿皮脱落影响品质。
【籽用南瓜种植技术视频种植籽用南瓜怎样进行采收和加工】
瓜籽应用纱窗搭架床晾晒，湿籽摊晒厚度以4-5厘米为宜，第一天每平方米纱窗可晒15千克，第二天每平方米可晒5千克。要经常翻动，直到飞软皮为止。晾晒时注意防冻、防雨。
瓜籽干后（表面飞软皮），可装成半袋，放在通风干燥处，每隔8-10天拿到晒场通风去潮，通风2次即可装袋封严。瓜籽要注意防止水分超标，避免出现霉变或冻板现象。