所有的准备工作就绪后，即可装蛋正式开始孵化 。种蛋在外界存放期间蛋温低，为了让种蛋入孵后尽快达到孵化器内的温度水平，应在入孵前将种蛋放在孵化室中预温12小时左右 。入孵时间最好在下午8点以后，这样大批出雏就在白天，工作方便，如计划安排在第22天上午8～9点将雏鸡交买鸡者，就应该在第1天上午8点左右入孵，雏鸡在第21天12点左右大量出壳，第21天24点前就可完成雏鸡的分级、接种疫苗、切趾、剪冠、雌雄鉴别、装箱等工作，运到雏鸡老化室待运 。
装蛋入孵方法依情况而定，若分批入孵，一般每隔4～5天人孵1次，每次装一套蛋盘（蛋盘上可用不同颜色做标记） 。入孵时使每套蛋盘在蛋架上的位置互相交错，让新蛋与老蛋能相互调节温度 。入孵后要在蛋盘上贴上批号及日期，便于记录和验蛋 。
3．孵化制度
机器特别是大型立体孵化器孵化的管理工作主要是掌握温度、湿度，控制通风换气和适时翻蛋及晾蛋 。
(1）温度孵化与出雏在一体且多批次装蛋时应用恒温制，其适宜温度为37.5～37.8℃ 。若两者分开而又整批入孵，孵化机为37.8℃，出雏机为37.3℃ 。整批孵化则采用第1～7天为38.4℃，第8～19天为37.8℃，第20～21天为37.3℃ 。要求每半小时观察一次温度，查看控湿仪的灵敏度，每2小时记录一次温度 。
(2）湿度若孵化与出雏在同一机内时，从入孵到18天落盘前相对湿度为55%～60%，落盘后相对湿度为65%～70% 。若为单独出雏器，则相对湿度应为70%以上，对非自动调湿的孵化器，应于每天上、下午定时向水盘加入温水（也可在晾蛋时加水），经常清洗更换湿度计的纱布条，防止钙盐沉积变硬，影响准确度，并定期往湿度计水管中注入蒸馏水或凉开水，每2小时记录一次湿度 。
(3）通风换气入孵后当孵化器温度达到标准时，即应打开进气、出气孔，开始少开一些，孵化到6.5天时逐渐全开 。将风扇转速控制在每分120转左右为宜，经常检查电机发热程度，机器有无异常声响 。
(4）翻蛋在孵化第19天以前必须定时翻蛋，平面孵化器每4小时翻蛋1次，立体孵化器每2小时翻蛋1次，有自动翻蛋装置的孵化器每隔l小时自动翻蛋，但要经常检查以防失灵，若失灵应及时修理，在修复之前进行人工翻蛋 。翻蛋角度90度，翻蛋动作要求轻、慢、稳 。对机械设备上的轴、杠，以及电动机应定期注人润滑油 。
(5）晾蛋整批入孵15天以前可以不晾蛋，以后要每天打开机门晾蛋1～2次，一般上、下午各晾l次，与加水同时进行，每次晾蛋10～30分，时间长短视蛋面温度而定，同时亦打开孵化室的门或窗进行换气 。蛋温降至34℃时应恢复升温 。
(6）验蛋在每批种蛋孵化期间验蛋2～3次，透视胚胎发育情况，及时捡出无精蛋、死精蛋和死胚蛋，合并蛋盘，同时观察胚胎发育是否正常，及时采取相应措施，每次验蛋后必须及时做好记录 。大规模生产时，孵化到第7～9天照蛋1次 。
(7）落盘孵化第18天或第19天进行最后一次验蛋后，将蛋盘中的活胚蛋移至出雏盘中，从此停止翻蛋，增加水盘，提高湿度 。准备出雏，具体移蛋时间应依据胚胎发育情况灵活掌握，如验蛋时发现胚蛋气室已弯曲斜口，下部黑暗，说明发育良好，应及时移蛋；若气室外界平齐，下部发红，即为发育迟缓，可晚一些移蛋 。为了节省人工，落盘时也可以不照蛋，及时做好记录 。
(8）出雏发育正常的活胚，孵化到第20天时就会啄壳出雏 。此时应关闭孵化器内的照明灯，以免雏鸡骚动影响出雏，啄壳出雏是活胚挣扎性的生理运动，这样能促使卵黄囊脐带收缩，拉断尿囊血管，肺呼吸增强 。此时，需要创造一个热闷的环境，有利于顺利啄壳和脱壳 。因此，在出雏时间不能经常打开机门降低温度、湿度，影响出雏 。到出雏约80%以上时打开机门拣1次雏鸡，结束孵化 。拣雏和拣蛋壳一起快速进行，对于后期出壳有困难的活胚，如已啄壳，尿囊血管萎缩者可以人工助产，扩大啄口将头部拉出口外，迅速送回机内，等待出壳 。拣出的雏鸡查数装入准备好的雏鸡箱内（篓内）放在暖和的暗室里，等待处理，及时做好记录 。
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