同年十月初六日，康熙帝征询诸大臣意见，权臣刑部尚书明珠认为：若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事 。照议政王所请，不必令姚启圣同往，著施琅一人进兵，似乎可行 。康熙遂决定由施琅统一指挥 。十月二十日姚施接到兵部密令：总督姚启圣停止进剿，提督施琅如无机会，仍操演兵丁，若有可进机会，统伊所派船兵，相机进取台湾 。至此，施琅终于争得统一指挥权 。
康熙帝得知了前线纷争的情况，为了统筹全局、加速决战，便再次进行了人事格局的调整 。此次作战事务全部归施琅负责，而后勤供应则委托给姚启圣 。1682年十一月初三，施琅率领约21000人，军舰238艘前往兴化训练军队，为接下来的渡海作战做好准备 。兴化的这次训练军容甚盛，可谓集结了清朝水师的精锐，看上去台湾已经唾手可得了 。
慢着，那边姚启圣被架空了去搞后勤心里能乐意，自然是不会安心服务的 。于是姚启圣转向了台湾郑氏谈判，希望避免战功都被施琅个人独占 。不过巧合的是台湾郑氏那边的刘国轩不接受清朝剃发易服的要求，因此由姚启圣操刀的两岸谈判最终破裂，一切又回到了原点，还是要靠施琅解决郑氏问题 。
施琅这个人从某种意义上也是反复不定的骑墙派，他曾两度降清，上《边患宜靖疏》，强调不能容许郑经等人顽抗，盘踞台湾，而把五省边海地方划为界外，使得东南地区赋税缺减，人民愈加贫困;必须速讨平台湾，裁减当地的军队，恢复地方上的经济，增加赋税，使得民生得以安定，边疆可以安稳 。
施琅屡次提出台湾不能轻易抛弃，应该尽早收复，是基于他对东南沿海地理、军事的熟谙 。当然也不排除施琅本人对郑氏集团的私人仇恨，因为在他降清以后，他的父亲、弟弟等亲戚都被杀害，可谓是不共戴天之仇，从这一点上攻台的施琅倒是和当年从荷兰人手中收复台湾的郑成功十分类似 。康熙二十二年六月上旬，施琅调集各种战船三百余艘，官兵二万一千余人，在铜山集中，迅速完成战前各种编组工作，十三日祭江，十四日辰时乘南风向澎湖出航 。
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这边施琅练兵精武，意在报仇扬威，另一方面郑氏名将刘国轩也没有闲着 。他在谈判破裂后就积极准备澎湖防御设施，准备打击任何敢于进攻的清军 。当时澎湖的军事防备是如何呢?根据张菼在《郑经郑克塽纪事》中，对于刘国轩如何部署澎湖防御有记述如下：到娘妈宫，乘快哨巡三十六屿既，城娘妈宫，外设女墙、壕堑，多置大炮，风柜尾、四角山、鸡笼屿、中心湾、虎井、桶盘屿各设炮台一，东峙、西峙、内外堑各设炮台二，八幂屿、水垵澳等有礁石、沙线，无须设守 。可见刘国轩在澎湖各岛建立了严密的岛屿联防体系，依托大炮群、女墙、壕堑，构筑了立体纵深的防线，想要从澎湖正面突破似乎并不容易 。何况外围还有无数的礁石、沙线，更让战船极易触礁翻覆 。
刘国轩的能攻善守也得到了施琅的认可，后来施琅在其战后捷报中曾概述如下：今年四五月知臣乘南风决计进剿 。就台湾贼伙选拔精壮敢死者，及抽调草地佃丁民兵，将洋船改为战船 。凡各伪文武等官所有私船尽行修整调集来澎湖 。大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双桅船合计两百余号 。贼伙二万余众 。仍将伪镇营等官兵各眷口，监羁台湾红毛、赤嵌二城，坚其死战 。
刘国轩亲统倾巢之众，复来澎湖，将娘妈宫屿头上下添筑炮城二座，风柜尾炮城一座，四角山炮城一座，鸡笼山炮城一座，东西峙内一列炮台四座，西面内外堑，西屿头一列炮台四座，中心湾山头顶炮台一座 。凡沿海之处，小船可以登岸者，尽行筑造短墙安置腰铳，环绕二十余里，分遣贼众死守 。星罗棋布，坚如铁桶 。金汤一般的防御，施琅如何能够突破是个大问题，且看双方决战 。
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