Y染色体的男性特异性区域部分在生殖过程中不会与X染色体发生重组 ， 这意味着当父亲在有性生殖过程中贡献Y染色体时，该染色体上的大多数基因都不会与X发生混合 。从基因学上讲，Y染色体可以算是无性传播的 。
上图：染色体重组示意 。两个配对的同源染色体会发生局部遗传物质的交换（不仅仅是DNA哦 ， 还包括缠绕DNA的组蛋白及其表观遗传信息） 。
尽管基因重组可以在后代中表达多种性状，但Y染色体的大部分线性传播（n代单传）并不一定是一件坏事 。实际上，这种特征使科学家能够了解男性血统的历史 。
使用Y染色体来认祖归宗由于大多数Y染色体是不经重组传递的，因此该染色体上的DNA提供了男性父系祖先系的遗传史 。[相对地，线粒体（细胞中产生能量的细胞器）中的DNA被用于母系的遗传研究，因为线粒体具有不同于核DNA的自身DNA ， 而我们仅从母亲那里继承线粒体DNA 。实际上最近的研究发现父亲精子中的线粒体DNA也可能遗传给子女，这有可能会扰乱母系线粒体DNA的世系研究 。]这里只讲父系，就不展开线粒体DNA了 。
例如 ， 2003年的一项研究对蒙古人的遗传世系进行了研究，蒙古人的领土曾经跨越人类历史上拥有最大连续领土的帝国 。研究人员研究了整个亚洲范围内超过2100名男性的Y染色体，发现一项特征标记出现在从太平洋边缘到里海的大约8％的男性当中 ， 约占全世界男性总数的0.5％，通过分析发现此Y染色体上的这一特征起源于约1000年前的蒙古 。
研究人员得出结论 ， 该Y染色体遗传特征的广泛传播不是偶然发生的，而可能是蒙古帝国首领成吉思汗的男性后代在如此广泛的地域上强势传播的结果 。
虽然无法直接测试成吉思汗的Y染色体，但研究人员测试了巴基斯坦哈扎拉人的Y染色体 ， 其族谱表明它们是成吉思汗的直接父系后代 。该研究得出的结论是，根据代表各地区的2100多名男性样本推算，那么将有大约1600万具有Y染色体特征的男性可能都是成吉思汗的后代 。
上图：欧亚大陆成吉思汗Y染色体携带者分布情况 。内蒙古的蒙古族和汉族人以及巴基斯坦的哈扎拉人具有最多的携带者 。圆圈越大则采样样本数越多（结果越可信），墨绿色的扇形是样本中阳性比例 。
其他研究也发现了起源于中国和爱尔兰的其他非常成功的男性血统 。尽管并非每个父亲在基因上都能如此繁荣，但使这些研究成为可能的是Y染色体上的那段微小的DNA序列 。
如此微小的片段 ， 就像是一块传家宝，从父到子几乎没有变化 。这意味着某些特征确实仅通过Y染色体在父子之间传递 。估计父权主义这时要热血沸腾了——请打住 。实际情况并不像听起来那样意义重大，因为Y染色体只包含了很少量的DNA和有效基因，父亲唯一能通过Y染色体传递给儿子的特征只是那些将胚胎变成男性的特征，以及使男人一旦进入青春期就能够繁殖的特征 ， 而不涉及任何其它特征，诸如身材、外貌、性格等等 。所以那些被称为“成吉思汗”后代的男人们未必就长得像或者性格有半点像成吉思汗（之前看到过一个英国人也被检测出来说是成吉思汗的后代，而且据说欧洲还有十来万人都是如此） 。
上图：Y染色体上仅有不到30个基因 。因此父亲的传家宝并不是那么丰厚，就是留了一个男人的标签给你而已 。呵呵~~
请注意，之前提到了Y染色体从父亲到儿子的传递几乎没有变化 ， 但实际上它在代际相传时也会有所改变，甚至在此过程中也吸收了母系一方的一些基因，只是它不像我们大多数其他常染色体那样改变那么多 。
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