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X和Y是等位基因吗？不是等位基因,应该是同源染色体,一个来自母亲,一个来自父亲.在dna中，有20多对染色体，对对相配，在细胞分裂时，会成对对的由细丝拉开，有的含有性别x或y两种中的一种 。在繁殖时与卵子中的含x的配合 。
如是xy是男，如是xx是女 。有一种配对有细胞分裂时未完成 。为xxy,也就是超染色体 。大多数会长不成成人X染色体与Y染色体是同源染色体,但这对同源染色体有点特别,它们有同源区与非同源区.在同源区,它们就像常染色体一样,有相同基因或等位基因.而在非同源区,它们有自己独有的基因.例如,红绿色盲的基因在X的非同源区,在Y上没有红绿色肓的等位基因,所以表示红绿色盲男性患者的基因型是XaY.在y上没有x的等位基因是指X染色体的非同源区.
染色体XY代表男性，XX代表女性 ， 那这个Y染色体是祖祖辈辈留下来的吗？在大多数情况下 ， 答案是肯定的 。也就是说Y染色体就是从男性祖先那里祖祖辈辈传下来的,而且几乎没有什么改变 。
理解性染色体的遗传规律我们会从父母那里分别继承了23条染色体，总共46条，且两两配对 。但其中有一对在男性体内会有些不对称，因为其中包含了一条来自父亲的Y染色体和一条来自母亲的X染色体 。而女性则是一条来自父亲的X染色体和一条来自母亲的X染色体 。
母亲总是向子女遗传自己两条X染色体中的任意一条，而父亲则会向儿子遗传自己唯一的那条Y染色体，但向女儿遗传自己的唯一的那一条X染色体 。当然这条唯一的染色体也是来自男人的母亲的两条X染色体之一，也就是说来自于男人的外祖父或者外祖母 。所以：
男性的Y染色体只可能来自于父亲，如果再往上追溯一代的话 ， 就是来自于祖父 。
男性的X染色体只可能来自于母亲，若再往上追溯一代的话则可能来自外祖父或者外祖母 。
女性的两条X染色体，一条来自于父亲，一条来自于母亲 ， 如果再往上追溯一代的话则可能来自于祖母、外祖母或外祖父，但绝对不可能来自于祖父 。
上图：X染色体的遗传，男性的X染色体只能来自于母系，女性的染色体则来自父母 ， 但再往上追溯一代不会来自于祖父 。通俗点说，Y染色体永远并且直接来自于爸爸，而X染色体则终归还是来自于某个妈妈（因为男人的X染色体只能妈给） 。在有性生殖的过程中，来自父母的两组染色体将“重组”它们的基因，有点洗牌的意味，这意味着这些染色体彼此交换遗传信息，达到某种随机混合的效果 。从短期来看 ， 这种“洗牌”的过程意味着儿子或女儿的性格和生理特征的组合很难严格复刻父母 。从长远来看，这形成了某种遗传多样性，并有助于消除可能对后代不利的性状 。
上图：Y染色体主要基因的功能是涉及性决定以及精子发育 。而X染色体涉及的问题就多了 ， 诸如眼睛白化症基因、杜氏肌营养不良症、雄激素不敏感症、严重的组合免疫缺陷、血友病、色盲症，与这些疾病相关的基因都在X染色体上 。这导致只有一条X染色体而没有备份的男性更容易患这些遗传性疾病 。
Y染色体上有什么？尽管X和Y染色体有一小段是相同的，但是基因测序已确定 ， 超过95％的Y染色体是雄性所特有的，这部分DNA序列被称为Y或MSY的雄性特异性区域 。实际上，该区域与X染色体天差地别 ， 以至于我们必须给人们经常引用这个事实：“人类具有99.9％的遗传同一性”加上“仅适用于同性间比较”的这个前提 。如果拿男人与女人的遗传物质进行比较，同一性就达不到99.9%了 。所以文艺界说“男人来自火星，女人来自金星”还是有点点似是而非的科学根据的，如果有外星人初来乍到，或许他们会认为男人和女人可能是基因略有差异的两个物种 。O(∩_∩)O~
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